“Qué tenemos aquí es el valor de cerca de 20 años de porciones de trabajo en una lista investigable,” dice Pandey. Un informe sobre todas las alteraciones nuevamente identificadas de la proteína se publica en los procedimientos de la National Academy of Sciences, mientras que un informe sobre la base de datos aparece en biotecnología de la naturaleza.
El equipo de Pandey utilizó el spectrometry total en tándem de la disociación de la transferencia del electrón (ETD), una tecnología que rompe las proteínas separadas en fragmentos pequeños, los separa por tamaño e identifica los fragmentos basados en su masa - su tamaño y peso. El proceso mejora en técnicas anteriores romperse encima de las proteínas más suavemente y manteniendo modificaciones químicas como el phosphorylation intactas. Los métodos anteriores del spectrometry eran “apenas demasiado ásperos” en las alteraciones delicadas de la proteína y esquilado os derechas apagado, él dice. “Tuvimos que conjeturar donde puede ser que estén y nadie desea perseguir los plomos falsos basados en conjeturas incorrectas.”
Pandey dice que la meta original de la investigación era identificar exactamente tantos cambios de la proteína como sea posible con la nueva tecnología. “Pero ver como de bien medimos para arriba, tuvimos que comparar nuestros resultados a qué fue publicada ya, y había justo ninguna manera limpia, fácil de hacer eso porque había informes por todas partes.”
“Que es cuando decidíamos ir a través y consolidar apenas sobre todo en el phosphorylation que estaba hacia fuera allí.”
Trabajando con las células humanas del riñón, los investigadores pescaron hacia fuera los millares de diversas proteínas y las analizaban por ETD, dando por resultado un total de la red de 1.435 phosphorylations. Comparando éstos 1.435 a los 20 años de datos publicados, descubrieron que cerca de 80 por ciento de lo que encontraron nunca no habían sido divulgados.
El equipo entonces construyó una herramienta en línea de la búsqueda, el buscador de PhosphoMotif, que fue incorporado en su base de datos humana previamente establecida de la referencia de la proteína. La base de datos humana de la referencia de la proteína ahora contiene cerca de 16.000 sitios del phosphorylation descritos en la literatura y la herramienta del buscador de PhosphoMotif permite que cualquier investigador encuentre sitios potenciales del phosphorylation en cualquier proteína del interés.
“La energía de esta técnica no es justa en los números,” dice Pandey. “Algo, hemos encontrado lo que puede ser que llames nueva información sobre las viejas proteínas, y esperamos que la nueva voluntad de los datos ayude a investigadores a estudiar sus proteínas preferidas en mayor profundidad. Después de todo, no hay sentido en la reinvención de la rueda.”
Pandey y su equipo son curiosos ahora sobre otras modificaciones químicas de las proteínas, que son los productos del “negocio-extremo” de nuestros genes. “Hay evidencia de otra, modificaciones más frágiles que hasta este momento nadie ha podido conseguir a una manija encendido porque él es manera demasiado dura trabajar con. Ahora tenemos las herramientas a sondar más lejos,” él dice.
###
La investigación fue financiada por el servicio médico público de los E.E.U.U., el instituto canadiense de la investigación de la salud, los institutos nacionales de la salud, el instituto nacional del corazón, del pulmón y de la sangre y la sociedad nacional de la esclerosis múltiple.
Los autores en los procedimientos de la National Academy of Sciences el papel son Henrik Molina y Pandey, de Hopkins; Suresh Mathivanan del instituto de Bioinformatics en Bangalore, la India; y el cuerno de David y la espiga de Ning de las tecnologías de Agilent en Papá Noel Clara, autores de la California en el papel de la biotecnología de la naturaleza son Ramars Amanchy, Balamurugan Periaswamy, Suresh Mathivanan, Raghunath Reddy, y Pandey, todo el Hopkins; y Sudhir Gopal Tattikota del instituto de Bioinformatics en Bangalore, la India.
En el Web:
http://www.hprd.org/
http://pandeylab.igm.jhmi.edu/
http://www.pnas.org/
http://www.nature.com/nbt/index.html
Contacto: Audrey Huang
Instituciones médicas de Johns Hopkins
|
|
