Il genoma del mouse contribuirà ad identificare le cause della malattia ambientale

“Questi dati permettono che i ricercatori confrontino il trucco genetico di una razza del mouse ad un altro e che effettuano le analisi genetiche necessarie per determinare perché alcuni individui potrebbero essere più suscettibili della malattia che un altro. Ciò li mette un punto più vicino a capire la predisposizione specifica alle tossine ambientali in esseri umani. Inoltre speriamo che le ditte farmaceutiche che sviluppano i nuovi trattamenti per le malattie ambientali trovino questi dati e questa carta come risorsa importante,„ abbiamo detto David A. Schwartz. M.D., direttore di NIEHS.

L'articolo descrive dettagliatamente i metodi laboriosi ed orientati verso la tecnologia che sono stati usati per identificare 8.27 milione alte qualità SNPs distribuito fra i genoma di 15 razze del mouse. I singoli polimorfismi del nucleotide, o SNPs (conosciuto come gli snips), sono singoli cambiamenti genetici, o le variazioni, che possono accadere in una sequenza del DNA.

Gran parte del progetto è stato condotto attraverso un contratto fra il programma nazionale di tossicologia a NIEHS e Perlegen Sciences, Inc. del Mountain View California.

“La base di dati della variazione genetica del mouse dovrebbe facilitare una vasta gamma degli studi biologici importanti e gli aiuti dimostrano il programma di utilità di questo metodo di tecnologia di allineamento,„ ha detto David il R. Cox, M.D., il Ph.D., ufficiale scientifico principale a Perlegen Sciences, Inc.

Gli scienziati di Perlegen hanno usato C57BL/6J la prima razza del mouse per subire il DNA che ordina come loro riferimento standard per condurre l're-ordinamento sulle quattro razze selvaggio-derivate ed undici classiche del mouse. La tecnologia usata, l'allineamento del oligonucleotide, inoltre è stata usata per scoprire la variazione comune del DNA nel genoma umano.

Gli allineamenti hanno esaminato circa 1.49 miliardo basi (58 per cento) dei 2.57 miliardo accoppiamenti bassi del loro sforzo standard di riferimento. I dati allora sono stati usati per sviluppare il programma dell'aplotipo che contiene 40.898 segmenti.

“I dati saranno una risorsa importante a molti, compreso il programma nazionale di tossicologia,„ Schwartz dice. Il programma nazionale di tossicologia (NTP) è un programma di mediazione, acquartierato a NIEHS, con la missione per coordinare, condurre e comunicare la ricerca tossicologica attraverso il governo degli Stati Uniti.

“Il NTP sta aspettando con impazienza di esplorare le risposte di questi sforzi dei mouse ai vari agenti ambientali,„ ha detto John Bucher, il Ph.D., il nuovo direttore associato del NTP.

Frank M. Johnson, pH. Il D., un genetista di ricerca del NTP ed uno degli autori della carta della natura, aggiunge che sistematicamente caratterizzare ancor più razze del mouse per predisposizione alle tossine non solo aiuterà con l'analisi genetica, ma migliori ricercatori di posizione per fare gli studi di intervento.

I dati sono pubblicamente - disponibili sul centro nazionale per il Web site di informazioni di biotecnologia a http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ e ad un Web site sviluppato da Perlegen a http://mouse.perlegen.com che permette che i ricercatori carichino programmi oggetto SNPs, i genotipi ed accoppiamenti dell'iniettore di LR-PCR, che attualmente sono tracciati a configurazione 36 di NCBI.

Oltre che gli scienziati di scienze di Perlegen e del NTP, altri collaboratori chiave sul progetto includono i ricercatori dal reparto dell'informatica e dal reparto della genetica umana, l'Università di California, Los Angeles; il reparto di informatica e di ingegneria, Università di California, San Diego; Il laboratorio di Jackson, porto della barra, Maine; Vasto istituto di Harvard e del MIT; ed il centro per ricerca genetica umana, Ospedale Generale del Massachusetts.

Riferimento: Kelly A. Frazer, Eleazar Eskin, Hyun Kang minimo, boga di Molly A., David A. Hinds, Erica J. Beilharz, Robert V. Gupta, Julie Montgomery, Matt M. Morenzoni, Geoffrey B. Nilsen, Charit L. Pethiyagoda, Laura L. Stuve, Frank M. Johnson, contrassegno J. Daly, Wade della Claire M., David R. Cox. Un programma sequenza-basato di variazione di 8.27 milione SNPs nelle razze innate del mouse. Natura, 2007

L'istituto nazionale delle scienze di salute ambientale (NIEHS), una componente degli istituti della sanità nazionali, sostiene la ricerca per capire gli effetti dell'ambiente sulle sanità. Per più informazioni sui soggetti di salute ambientale, visitare prego il nostro Web site a http://www.niehs.nih.gov/.

Gli istituti della sanità nazionali (NIH) - l'agenzia di ricerca medica della nazione - comprende 27 istituti e centri ed è una componente del reparto degli Stati Uniti dei servizi sanitari e sociali. È l'ente federale primario per la conduzione e la ricerca medica di base, clinica e di traduzione di sostegno e studia le cause, i trattamenti e le cure per sia le malattie comuni che rare. Per più informazioni su NIH e sui relativi programmi, chiamata http://www.nih.gov.