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Istituto medico del Howard Hughes

Materia scura della biologia di sondaggio

Una bocca umana tipica cola con l'altretanto come 700 specie differenti di microbi. Una manciata di questi specificamente è stata implicata nella promozione la malattia di gomma, le cavità dentali e dell'alito difettoso, ma geralmente, il trucco di questo ecosistema complesso ed il relativo effetto sulle sanità rimangono in gran parte inesplorati. Un nuovo dispositivo generato dai ricercatori medici dell'istituto del Howard (HHMI) Hughes, tuttavia, può fare alcuno dei membri più ritirati di questo e di altre comunità microscopiche molto più accessibili per la ricerca di laboratorio.

La vasta maggioranza dei microbi è notoriamente resistente alla crescita nelle colture del laboratorio perché così complicato sono collegati ai loro propri ecosistemi unici. I microbiologi hanno persuaso con le lusinghe meno di un per cento delle specie batteriche che abitano negli ambienti naturali nella crescita nella coltura. Ma un dispositivo di microfluidics generato dal tremito medico e dai colleghi dello Stephen R. del ricercatore dell'istituto del Howard Hughes all'università di Stanford un sistema complicato delle valvole minuscole e degli alloggiamenti -- può aiutare gli scienziati che vogliono identificare e caratterizzare i nuovi microbi aggirare la necessità di coltivarli affatto.

La ricerca sul dispositivo ha pubblicato nel 9 luglio 2007, emissione degli atti dell'Accademia delle Scienze nazionale (PNAS) ha implicazioni ampie per il campo velocemente di sviluppo dell'ecologia microbica, come pure le tecnologie d'avanzamento di microfluidics, in grado di fare per biologia che placchette di silicio hanno fatto per elettronica. Il tremito ed i suoi colleghi già hanno utilizzato il dispositivo per analizzare i batteri rari trovati nella bocca umana, usando appena una cellula.

I vari metodi hanno dato a scienziati un'occhiata della diversità profonda che caratterizza i mondi microbici differenti. Un metodo è di cercare le variazioni nella sequenza di un gene specifico trovato in tutti i microorganismi; un altro è un inventario completo di tutti i geni riuniti in una comunità microbica. Questi tipi di studi, tuttavia, rendono poche comprensioni nel carattere dei membri individuali di un ecosistema microbico, lascianti la maggior parte della specie quasi interamente enigmatica.

Quegli organismi non studiati sono materia scura della biologia, il tremito dice. Come la materia scura che gli astronomi possono arguire soltanto devono esistere nell'universo, questi organismi mai non sono stati studiati direttamente. Il tremito e la sua speranza dei colleghi la loro nuova tecnologia cambieranno quello.

“Stiamo sperando di aprire un intero nuovo capitolo come si capisce l'universo microbico,„ nel tremito detto. “Gli attrezzi di Microfluidic possono darli d'accesso diretto a questa materia scura,„ il tremito dice.

La ricerca del tremito si trova al nesso di fisica, di biologia e di biotecnologia. Il suo microfluidics scheggia, che progetta per affrontare i problemi nei campi compreso genomica strutturale, biologia di sistemi, l'ecologia microbica e la chimica sintetica, è analogo di avere un laboratorio completamente automatizzato su una cialda timbrare-graduata affrancatura. Ricordar che gli inizi di elettronica con tutti quei grandi valvole elettroniche e legare " dopo sono venuto il transistore ed infine la placchetta di silicio, che hanno rivoluzionato drammaticamente i calcolatori e l'elettronica moderna. Microfluidics sta seguendo la pista delle placchette di silicio e promette di rivoluzionare la biologia nello stesso modo.

Il circuito integrato microfluidic progettato dal tremito e dai suoi colleghi per lo studio corrente è fornito di alloggiamenti e di valvole molto piccoli che permettono che i ricercatori isolino i microbi alla scala del nanoliter. Poiché ogni microbo è isolato in un volume di liquido vanishingly piccolo, la concentrazione di relativo materiale genetico all'interno di quella soluzione è realmente abbastanza alta - il tremito di significato ed i suoi colleghi possono amplificare ed analizzare facilmente il genoma di una cellula specifica, eliminante la necessità di persaudere l'organismo per moltiplicarsi in una coltura del laboratorio. Il circuito integrato offre il potenziale di scoprire la nuova specie incalcolabile di microbi che si appostano all'interno degli sfiati del mare profondo, della sporcizia ordinaria, del fango tossico, o di virtualmente tutto l'ambiente.

Per dimostrare il potere di nuovo dispositivo, gli scienziati in primo luogo lo hanno usato per designare un nuovo phylum come bersaglio possibile, di quale il membro è un batterio rod-shaped che vivono fra le gomme ed i denti degli esseri umani. Il phylum del candidato, denominato TM7, non ha membri coltivati o ordinati. Gli scienziati hanno dimostrato che potrebbero iniettare una soluzione che contiene i tipi multipli di microbi in un circuito integrato e maneggiano le valvole molto piccole per dirigere i diversi batteri rod-shaped negli alloggiamenti miniatura. Una volta che i diversi microbi fossero isolati, i ricercatori potrebbero estrarre il DNA ed amplificarli che usando i metodi sistematici.

In questo modo, i ricercatori potevano ordinare e montare più di 1.000 geni, fornenti la comprensione nella fisiologia di questo gruppo di batteri precedentemente non studiato. La maggior parte dei geni TM7, hanno trovato, avuti notevolmente poca somiglianza ai geni nei gruppi batterici conosciuti. Ma alcuni dei geni hanno suggerito alle funzioni interessanti della biologia dell'organismo, quali un movimento scivolante insolito che i gruppi di batteri TM7 potrebbero usare per ottenere intorno e un gene compartecipe con i batteri conosciuti per causare l'infiammazione cronica.

Appena come, i ricercatori dicono, hanno dimostrato d'importanza il successo della loro nuova tecnologia nell'analizzare una componente rara di una comunità microbica complessa - e ci è abbondanza più da esplorare. La squadra del tremito già ha cominciato a usando il circuito integrato per isolare, identificare e le comunità di sequenza dei microbi che risiedono nei hindguts della termite ed il suo laboratorio a Stanford è circuiti integrati su ordinazione della costruzione per altri scienziati interessati al perseguire tutto il microbo coltura-resistente o a scoprire la materia scura di un ambiente specifico.

 
 
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